Im Frühjahr fertigt das Männchen meist mehr als ein halbes Dutzend Rohbauten kugelförmiger Nester mit seitlichem Eingang beispielsweise in Wurzeltellern umgestürzter Bäume, in überhängenden Baumwurzeln am Wegrand, in dichten Hecken oder auch in Mauernischen. Der Gesang lockt natürlich auch Weibchen in das Revier. Nach einer Kopulation sucht sich das Weibchen eines der Nester aus und bewerkstelligt den Innenausbau mit Moos, Tierhaaren und kleinen Federn. Die fünf bis acht Eier werden etwa zwei Wochen lang bebrütet, die dann geschlüpften Jungen etwa genauso lange im Nest gefüttert, ehe sie flügge werden. Die Brut übernimmt das Weibchen alleine, beim Füttern der Jungen beteiligt sich das Männchen unregelmäßig; es hat ja auch meist für mehrere Familien Sorge zu tragen.
Die Oberseite erdbraun gefärbt mit dunkler Bänderung, die Unterseite weißbraun, ist der Zaunkönig bestens getarnt, so dass man ihn selten zu Gesicht bekommt. Kann man ihn auf seiner Singwarte mit dem Fernglas doch einmal erspähen, fällt der stets aufgestellte Schwanz auf, an dem man ihn gut erkennen kann. Sein Flug ist schwirrend und geradlinig meist direkt über dem Boden, so dass man oft den Eindruck hat, dass gerade eine Maus vorbeigehuscht ist.
Seine bis auf den Gesang heimliche und versteckte Lebensweise hat dem Zaunkönig auch seinen Namen eingetragen. In vielen Fabeln und Märchen wird eigentlich die immer gleiche Geschichte erzählt: Im Wettkampf um den Titel des Königs der Vögel flog der Adler am höchsten, doch gerade als er wieder zum Sinkflug ansetzte, schoss aus seinem Gefieder der dort versteckte Zaunkönig hervor, flog noch ein Stück höher und rief laut und vernehmlich: „König bin ich!“ Der eigentliche Sieger ließ sich diesen Betrug natürlich nicht gefallen und ist seitdem hinter dem Zaunkönig her, dem nichts anderes übrigbleibt als sich möglichst nicht aus der Deckung von Hecken, die ja oft Zäune bilden, hervorzuwagen. Seinen König-bin-ich-Ruf lässt er jedoch gut versteckt immer noch hören; somit wurde er zum Zaunkönig.
In Hessen ist er, obwohl Insektenfresser, das ganze Jahr über anwesend, also Standvogel. Seine Nahrungspalette ist dementsprechend groß und reicht von Spinnen und Milben über Asseln bis hin zu Insekten und deren Larven. Seine heimliche Lebensweise und seine gute Tarnung lässt den erwachsenen Vogel selten in den Fängen von Beutegreifern landen, doch die Brut fällt häufig Elstern, Mardern, Wieseln, Katzen und anderen Fressfeinden zum Opfer. Hin und wieder bedient sich der Kuckuck der Zaunkönige als Wirtseltern.